Według relacji z 1418 r., w Polsce ówczesnej funkcjonowało 6 opactw, a każde z nich miało co najmniej 4 zależne prepozytury. Tyniec rozciągał swe władztwo na Kościół, zwany później Kościelną Wsią, Staniątki, Orłowę, Uniejów i Stare Troki, niebawem miał przybył jeszcze przeorat w Tuchowie. Łysieć nosił już nazwę opactwa świętokrzyskiego. Miało ono prepozytury w Mniszku, Koniemłotach, Słupi Starej, a w ciągu XV w. zyskało Wąwolnicę, Sieciechów dysponował prepozyturą św. Idziego w Krakowie, domami przy kościele św. Piotra w Radomiu i w Puchaczowie oraz szpitalem w Stężycy. Płock miał prepozytury w Rawie Mazowieckiej, Przybyszewie nad Pilicą, w Zamsku i Łętowem. Mogilno — na razie prepozytury św. Jana w Kołobrzegu i św. Wojciecha koło Gdańska oraz w Bielsku, Strzelcach i Wójcinie. Lubin wreszcie w Jeżowie, Starym Gostyniu, Nowym Dworze i Chojnatach.
Pod koniec XIV w. — z fundacji królowej Jadwigi i Jagiełły — powstał klasztor benedyktynów słowiańskich na Kleparzu w Krakowie (i drugi, z fundacji Piastów, w Środzie Śląskiej, a więc poza granicami królestwa). Wszakże zaznaczyły się pewne ubytki: benedyktyni słowiańscy z Kleparza niebawem wyginęli. Wiele klasztorów wspomnianych poprzednio na Śląsku i Pomorzu odcięła granica polityczna. Upadły one następnie w związku z reformacją.
Wzrost dobrobytu niekoniecznie szedł w parze z wysokim poziomem życia, które budziło zastrzeżenia zarówno Jana Długosza jak i niechętnego Kościołowi wojewody Ostroroga, a później oczywiście protestantów.
Wielką reformę zakonów podjął jeden z papieży awiniońskich, Benedykt XII (1334—1342). Benedyktynom poświęcił on osobną bullę Summi Magistri z dnia 20 czerwca 1336 r. Papież ten, jako dawny cysters, znał dobrodziejstwa mocnej organizacji; zgrupował on poszczególne klasztory w 36 prowincjach, wśród nich prowincji polskiej. Wśród postulatów reform znalazły się również zalecenia odbywania wizytacji klasztorów czy urządzenia studium. W nowo powstałej prowincji polskiej miał przewodniczyć opat tyniecki.. Niestety reforma Benedykta XII pozostała tylko ideą.
Druga fala reformy wiązała się z Soborem w Konstancji. Równolegle z obradami soboru w 1417 r. zebrali się w Petershausen benedyktyni z prowincji moguncko-bamberskiej. Chodziło o zaktualizowanie postulatów Benedykta XII. W tym kontekście tkwi relacja, o której wspomniano poprzednio. Do Konstancji dotarł mnich tyniecki, Mikołaj Nazon, i na ręce Jana de Montenoyson z Cluny złożył prośbę o wizytację klasztorów benedyktyńskich w Polsce. Na soborze w Konstancji występował również biskup poznański Andrzej Łaskarzyc. Zamyślał on o reformie opactwa lubińskiego, dokąd starał się ściągnąć wsparcie ze zreformowanych klasztorów włoskich. Przy sposobności wyszło na jaw znaczne zainteresowanie Polaków sprawami reformy benedyktyńskiej na Zachodzie, przede wszystkim we Włoszech, w Subiaco, w Padwie i w Austrii, w Melk, dokąd skłaniał się sam biskup Łaskarzyc.
Po upadku włoskich projektów udało się pozyskać opata Wojciecha Łysego, który z opactwa na Świętym Krzyżu przeszedł do Lubinia i rządził tam w latach 1420—1427. Późniejszym pozytywnym znakiem była konfraternia, którą Lubin w 1435 r. zawiązał z Mogilnem. Niebawem też powołano mnicha Stefana z Mogilna na opactwo w Lubiniu, gdzie rządził w latach 1444—1460 i zasłużył się budową gotyckiego kościoła. Bieg wydarzeń — jak zawsze u benedyktynów — zależał od opata. W owych czasach wywiązał się proces pomiędzy opatem Mikołajem a prepozytem Klemensem z Jeżowa, który zabiegał o usamodzielnienie. Stąd arcybiskup wydał wyrok na korzyść opata, a jednocześnie określił prawa, które miały obowiązywać w przyszłości. Napięcie jednak między zgromadzeniem lubińskim a opatami wzrastało nadal. W 1445 r. opat Stanisław z Warty — jak wolno sądzić, reformator — złożył władzę swą na ręce biskupa, Andrzeja z Bnina, i zamieszkał poza klasztorem. Wzloty i upadki na przemian stawały się czymś normalnym.
Inna próba reformy pochodzi z końca XVI w. W 1594 r. trzej polscy opaci, Mikołaj Mielecki z Tyńca, Stanisław Kiszewski z Lubinia i Stanisław Gembicki z Płocka spotkali się w Rzymie, obradując o podległych im zgromadzeniach. W wyniku tych rozmów Mielecki pojechał do Cluny w Burgundii. Przybył tam w połowie lutego 1595 r. pod nieobecność miejscowego opata, Klaudiusza de Guise. Zachował się list Mieleckiego z wyłuszczeniem jego zamysłów. Wyprawa Mieleckiego nie przyniosła bezpośrednich skutków, stanowi jednak dowód troski, którą otoczono wspomniane opactwa.
Wprawdzie samodzielność opactw wysunęła się w tym trzywiekowym okresie jako cecha osobliwa, jednak natrafiała ona na przeszkody i ograniczenia. Reminiscencje prawa książęcego żyły nadal. W 1460 r. Kazimierz Jagiellończyk wziął od mnichów lubińskich i biskupa poznańskiego zobowiązanie, że każdorazowy opat-elekt wpierw będzie prezentowany królowi i przezeń zatwierdzony. Na przełomie XV i XVI w. słynne Rady Kallimacha dotyczyły również dysponowania opactwami przez monarchię.
W XVI w. wzrastał autorytet nuncjuszów papieskich, którzy później odegrali ważną rolę zwalczając komendę i tworząc kongregację. Na razie pisma nuncjuszów wzbogacają podstawę źródłową. W niektórych wypadkach wkraczali oni w sprawy benedyktynów, kontrolując dyscyplinę w klasztorach. Czuwali też nad zarządem gospodarstwa i finansami. Zwyczajnym narzędziem ich oddziaływania była wizytacja. Zachował się reces wizytacyjny z czasów Tomasza Polanowskiego, opata na Świętym Krzyżu.
Omawiane czasy dały wielu wybitnych opatów — tak Jak okres następny, tzw. Komendy, sprzyjać będzie rozwojowi tej instytucji i osobowości przeorów. Każde więc opactwo miało swych znakomitych przedstawicieli: Tyniec — opatów Mścisława (1386—1410), Andrzeja Ożgę i Hieronima Krzyżanowskiego; Lubin — Pawła Chojnackiego i Stanisława Kiszewskiego; Mogilno — opata Mikołaja; Sieciechów – Józefa Wereszczyńskiego; Święty Krzyż — Michała z Kleparza. Wyróżnili się budowniczowie kościołów w Tyńcu, Tuchowie, Orłowej — opat Maciej ze Skawiny, w Lubiniu _ opat Stefan, na Świętym Krzyżu — opat Michał, w Płocku wreszcie Jan Dziedzicki. Literaturą parali się Józef Wereszczyński i Hieronim Krzyżanowski. Sławę mecenasa zyskał sobie Jan Łowczowski osobiście interesował się nauką opat Mikołaj Mielecki z Tyńca. Świątobliwym życiem zasłynęli w Tyńcu przeor Mścisław i opat Andrzej Ożga (zm. 1487), na Świętym Krzyżu — opat Mikołaj Drozdek (zm. 1434) i o całe pokolenie późniejszy przeor, Mikołaj z Koźmina o którym zachowały się liczne źródła. Jego życiorys wprowadza do wnętrza średniowiecznego klasztoru, gdzie modlono się liturgią, przepisywano księgi i pracowano w milczeniu. Na tradycyjną pobożność wpływ wywierała już tzw. devotio moderna. Wolno przypuścić, że podobnie działo się też gdzie indziej, tyle że Święty Krzyż wyróżniał się ówcześnie wysokim poziomem życia.
Jeszcze wyraźniejszy wpływ z zewnątrz zaznaczył się w pobożności o. Bernard z Wąbrzeźna. Był on wychowankiem jezuitów zanim wstąpił do opactwa w Lubiniu, gdzie przeżył kilka lat na przełomie XVI i XVII w. Tradycja przypisywała mu wzniosłe stany modlitewne. On zaś nic o tym nie pisał, przeto brak podstaw do scharakteryzowania jego duchowości. Należał do przedstawicieli doby potrydenckiej. Zasłużył sobie na pamięć ludzką, która otoczyła go wiernym, szczerym i prawdziwym kultem.
Zachowane pamiątki pozwalają ogólnikowo odtworzyć liturgię przedtrydencką, natomiast źródła milczą o modlitwie wewnętrznej. Wiadomości o bibliotece na Świętym Krzyżu wskazują na szeroką recepcję wzorów zewnętrznych i nieśmiałość w tworzeniu dzieł oryginalnych. W innych klasztorach także gromadzono książki; piękną bibliotekę miał Lubin i Tyniec. Stopniowo rozwijało się też pisarstwo. W XIV w. występował mistrz Czadro, mnich tyniecki, który spisał dzieje fundacji staniąteckiej. Funkcjonowało tu skryptorium, a w XVI w. zaistniały warunki pracy literackiej. Przepisywaniem ksiąg wsławiło się przede wszystkim opactwo świętokrzyskie. Znakomity opat Michał zmobilizował tam zastęp pracowników, którzy, jednocześnie z odbudową spalonego klasztoru, odtwarzali i wzbogacali miejscowy księgozbiór. Fragmentaryczne wiadomości o sytuacji w Sieciechowie nie pozwalają jej należycie ocenić. Twórczą pracą wyróżnił się w Lubiniu przeor tamtejszy, niezmiernie szeroki w zainteresowaniach filolog-kaznodzieja, a także historyk, o. Tomasz ze Zbrudzewa. Licznie zachowane pisma pozwolą kiedyś oświetlić w pełni jego działalność.
Pod koniec okresu, o którym mowa, polskie opactwa cieszyły się zasadniczo dobrobytem i swobodą. Wyrażało się to na zewnątrz okazałością budynków, które zaludniali zakonnicy i liczna klientela. Opat bowiem wykonywał jurysdykcję nad podległymi mu klasztorami i włością. Obok życia zakonnego tętniło inne, funkcjonowały więc kancelaria, dobrze zorganizowany zarząd folwarków, sądownictwo. Opatowi, jako swemu patronowi, podlegali nawet sąsiedni proboszczowie. Nie darmo opat Andrzej Brzechwa skarżył się na koszta utrzymania dworu. Niejeden dokument wśród świadków wyliczał starostów i okoliczną szlachtę.
Znaczna dochodowość klasztorów mniszych stała się jedną z przyczyn, dla których wprowadzono komendę.