Zarys historii benedyktynów wymaga pewnego uściślenia. Św. Benedykt (480-ok.550) nie miał zamiaru tworzyć zakonu, ani żadnej nowej formy życia chrześcijańskiego. Był on mnichem włączonym w rozwijającą się w chrześcijaństwie tradycję monastyczną, pustelniczą i wspólnotową. Pierwsze udokumentowane formy życia monastycznego powstały na przełomie III i IV w. w Egipcie. Do Europy zachodniej monastycyzm trafił przez wschodnią część Kościoła. Św. Benedykt czerpie z tradycji cenobitycznej (mnichów żyjących we wspólnotach), ukształtowanej przez św. Pachomiusza, Bazylego i Kasjana i innych.
Historię benedyktynów wytycza historia Reguły św. Benedykta. Św. Benedykt zredagował ją w pierwszej połowie VI w. W tym czasie Reguła św. Benedykta funkcjonowała w świecie mniszym jako jedna z wielu reguł monastycznych. Papież Grzegorz Wielki przyczynił się do rozsławienia Reguły i postaci św. Benedykta w swych Dialogach. Upowszechnienie Reguły św. Benedykta następuje w pierwszej poł. IX wieku w państwie Karolingów. Cesarz Karol Wielki uznał ją za przewodnią regułę mnichów w swoim państwie.
Rozkwit benedyktynów i ich wielkie znaczenie związane jest z okresem reformy Kościoła w X w., w której poważną rolę odgrywają klasztory związane z opactwem Cluny. W tym okresie wśród mnichów benedyktyńskich pojawia się ruch w stronę monastycyzmu ubogiego; powstają nowe odgałęzienia znane obecnie jako cystersi, kameduli itp. Dopiero od tego czasu można mówić o odrębności benedyktynów jako zakonu. Opactwa benedyktynów skupiały się w różne formy kongregacji, zawsze jednak zachowując autonomię poszczególnych domów oraz chroniąc własną tradycję. Wielkim obciążeniem dla wielu opactw było narzucanie im przez władców od X do XVI w. tzw. opatów komendataryjnych. Poważny kryzys przeżywają benedyktyni w okresie Oświecenia na skutek licznych kasat.
Już na początku XIX w. powstają ośrodki odnowy życia we Francji (opactwo Solesmes) i w Niemczech (opactwo Beuron). Odnowa życia benedyktyńskiego w Europie zaowocowała wielkim dziełem fundacyjnym na innych kontynentach (Ameryka, Afryka, Azja). Postulatem tej odnowy jest powrót do źródeł. Benedyktyni podejmują studia nad własną duchowością i Regułą św. Benedykta, ale też studia nad Ojcami Kościoła, badają i odnawiają we własnych klasztorach liturgię i śpiew gregoriański. Ta reforma wywarła też wpływ na cały Kościół inspirując ruch liturgiczny, studia patrystyczne i soborową odnowę liturgii.
Z polecenia papieża Leona XIII powstała federacja benedyktyńska w celu nawiązania bliższej współpracy między poszczególnymi kongregacjami benedyktyńskimi grupującymi autonomiczne opactwa i przeoraty. Na czele federacji stanął opat-prymas. Jego siedzibą jest opactwo św. Anzelma, pełniące zarazem funkcję centrum studiów benedyktyńskich (ateneum i kolegium).