Komenda, jako instytucja prawna, objęła klasztory benedyktyńskie (cysterskie) już w średniowieczu. Już król Kazimierz Jagiellończyk, który w imię prawa patronatu narzucał swych faworytów na godności kościelne. Zobowiązał on m. in. Lubin do przedstawiania mu opatów po wyborze celem zatwierdzenia. W 1516 r. mocą konkordatu bolońskiego król francuski Franciszek I uzyskał od papieża Leona X prawo mianowania biskupów i opatów. W Polsce sprawy te szły nieco wolniej, ale w tym samym kierunku, w 1526 r. królowa Bona przysłała swych reprezentantów do Tyńca na wybory, wskazując Andrzeja Gniadego z Zabierzowa jako swego kandydata. Życzeniu królowej stało się zadość.
Poważne ograniczenie wolności wyborów wniosła konstytucja sejmowa z 1538 r. Zażądano, by opat wybierany był Polakiem i szlachcicem. Gdyby takiego w klasztorze nie było, miał być wybrany duchowny świecki, który — zaprezentowany królowi przez biskupa – pozyskawszy królewskie zatwierdzenie, miał złożyć śluby zakonne i władzę objąć.
Łagodniejszą formą nacisku była tzw. koadiutoria, która polegała na podsunięciu żyjącemu opatowi ,, pomocnika” z prawem następstwa. Oto w 1563 r.: gościł w Lubiniu kard. Hozjusz, który wraz z innymi dygnitarzami starał się skłonić opata Chojnackiego, aby przyjął koadiutora. Był nim wyznaczony przez króla scholastyk włocławski, Scibor Krzykowski. Zgromadzenie jednak obrzuciło tę propozycję, chcąc zachować odwieczne prawo wolnej elekcji. Podobnych środków używał król Stefan Batory. Wprawdzie raz obronił się przeciw temu opat Andrzej Brzechwa, ale gdy jego rządy wzbudziły zastrzeżenia, król, w ścisłym porozumieniu z nuncjaturą, zmusił go do przyjęcia Mikołaja Mieleckiego w charakterze koadiutora. W ten sposób Tyniec zyskał jednego z najsympatyczniejszych opatów. Wszakże opór Brzechwy tyle sprawił, że Mielecki złożył śluby zakonne, więc uchodził za benedyktyna. Historiografia uważa go za ostatniego ,,swobodnie wybranego” opata, bo następcami jego byli już komendatariusze. W dziejach Tyńca był to jedyny wypadek, że królewski kandydat złożył śluby, bo nie można liczyć Hieronima Lubomirskiego, który na żądanie Stolicy Apostolskiej złożył śluby… u kawalerów maltańskich. Stanisław Sułowski i Stanisław Łubieński zamierzali złożyć profesję, ale ostatecznie do tego nie doszło. W innych opactwach było rozmaicie. Na Świętym Krzyżu narzucani opaci składali profesję: Mikołaj Kuczowski (1593), Michał Maliszewski (1595), Bogusław Boxa Radoszowski (1608), a później Stanisław Sierakowski (1636).
Smutną pamięć zostawiło panowanie Zygmunta III, który z właściwym sobie uporem narzucił komendatariuszów wszystkim benedyktyńskim opactwom, a więc w 1587 r. Stanisława Gembarta w Płocku, w 1595 r. Michała Maliszewskiego na Świętym Krzyżu, w 1598 r. Stanisława Gomolińskiego w Sieciechowie, w 1604 r. Stanisława Sułowskiego w Tyńcu i Jakuba Łempickiego w Lubiniu, wreszcie w 1608 r. Andrzeja Wilczyńskiego w Mogilnie. Król działał — być może — w dobrej wierze, ale wolę swoją przeprowadzał nieraz brutalnie, toteż wszędzie wywoływał sprzeciwy. Zarazem rozpoczął się nowy okres w dziejach benedyktynów (a także cystersów, norbertanów i bożogrobców) w Polsce.
Komenda uderzała w podstawy benedyktyńskich ideałów. Reguła przewiduje, że opat wybrany ze zgromadzenia jest reprezentantem Boga, a przede wszystkim ojcem. W to miejsce wprowadzono kogoś obcego, kto przychodził dla wyraźnie zaznaczonych względów materialnych. Początkowo opat komendatariusz zachowywał pełnię władzy, mieszkał w klasztorze, jak np. Stanisław Sułowski w Tyńcu, zainteresowany życiem zakonnym, jak jego następca, Stanisław Łubieński. Bywało wszakże inaczej: Piotr Gembicki nigdy nie pojawił się na miejscu, pobierając dochody przez prokuratora.
W tym czasie nuncjusze papiescy wzmocnili swą pozycję. Oni to przyczynili się do reform opactw. Doprowadzili do rozróżnienia władzy zewnętrznej i wewnętrznej w klasztorach. W tych warunkach wzrosło znaczenie przeorów i od ich postawy zależało bardzo wiele.
W drugiej połowie XVII w. doszła nareszcie do głosu sprawa zawiązania kongregacji dla benedyktyńskich klasztorów w Polsce. W innych krajach, kongregacje takie, zalecane przez Sobór Trydencki, funkcjonowały bardzo owocnie. W Polsce spóźnienie wynikało ze znacznych odległości między opactwami, jak również z oporu opatów komendatoryjnych. Opactwa więc działały samodzielnie, np. wymagając od samych komendatariuszy zaprzysiężenia warunków, że będą starali się o uchylenie w przyszłości prawa komendy. Jednak skutek przyniosło dopiero zjednoczenie sił we wspomnianej kongregacji.
Inicjatywę przejęło opactwo świętokrzyskie. Rozwinęła się tam tradycja o pochodzeniu z Monte Cassino. W 1650 r. opat Sierakowski nawiązał kontakt z domniemaną macierzą. Miało to doniosłe znaczenie. Jacyś mnisi świętokrzyscy byli na Monte Cassino, gdy przyjechał tam wojewoda Jan Karol Kopeć, prosząc o fundację na Polesiu. (1659 r.) Wojewoda poślubił włoską margrabiankę, Lukrecję Strozzi, dla której urządzał rezydencję. Tak zaczęła się historia klasztoru w Horodyszczu. Dopomógł opat Sierakowski ze Świętego Krzyża, uzupełniając kadrę kilkoma mnichami. Niebawem Radziwiłłowie ufundowali opactwo w Nieświeżu, a reforma zaczęła promieniować na Mogilno, na Święty Krzyż, a z czasem na całą Polskę.
W takim klimacie, na Świętym Krzyżu, pod rządami znakomitych opatów, Mikołaja Goskiego i Hieronima Komornickiego, wychowywał się o. Stanisław Krystyn Mirecki. Wystąpił on na scenę w 1689 r., gdy współbracia wybrali go na swego opata na przekór królewskiej nominacji, którą otrzymał Aleksander Wychowski, późniejszy biskup łucki. Trzeba pamiętać, że w owym czasie o uwolnienie się spod komendy energicznie walczyli cystersi. W tym kontekście mieści się również gwałtowne pismo opata Mireckiego. Trudności piętrzyły się na każdym kroku, ale Mireceki przezwyciężył je, doprowadzając ostatecznie do zawiązania kongregacji. W 1709 r. zatwierdził ją Klemens XI. Przystąpiły do niej opactwa świętokrzyskie, horodyskie, nieświeskie, mogileńskie, sieciechowskie, płockie i trockie. W opozycji stanęły jednak opactwa tynieckie i lubińskie, które dołączyły się dopiero po śmierci Mireckiego (zm. 8 XII 1733), pod naciskiem nuncjatury w latach 1736 i 1740.
Nuncjatura, wywołując wiele sprzeciwów w sejmie i senacie, przygotowywała konkordat, który podpisano we Wschowie w 1737 r. Zarazem skończył się okres komendatariuszów, którzy — zachowując jedynie tytuł opacki oraz znaczne dochody — zeszli zupełnie na ubocze w dziejach zakonu.
Zawiązanie Kongregacji oraz podpisanie konkordatu wschowskiego to najszczęśliwsze wydarzenia w dziejach polskich benedyktynów owego stulecia. Zgromadzenia, po przeprowadzonym podziale posiadłości dla komendatariusza i na własny użytek, miały ograniczone, ale wystarczające warunki egzystencji. Władzę sprawował teraz opat klaustralny, którego miało wybierać zgromadzenie. Nowością w stosunku do tradycji staropolskich było wprowadzenie władz nadrzędnych, mianowicie wybieranego co 3 lata prezydenta Kongregacji, Jego rady przybocznej, periodycznie odbywanych kapituł i wizytacji. Polska kongregacja wzorowała się w tym na bawarskiej, która w prawach swoich wykorzystała doświadczenia innych, starszych kongregacji.
Kongregacja nosiła tytuł Św. Krzyża, wyraźnie akcentując aluzję do opactwa świętokrzyskiego, które wychowało jej twórcę i jego towarzyszy w klimacie sprzyjającym reformom. Kongregacja przyniosła obfite owoce. Stare zgromadzenia ożyły, wykazując wiele dynamizmu. Sprawnie działały władze centralne którym autorytetu dodawała solidarność i wzajemna pomoc. Pięknym przykładem współdziałania były studia zorganizowane dla młodzieży zakonnej. Rzecz znamienna, że Tyniec, długo trwający w opozycji, odrodził się i wziął czynny udział w pracach kongregacji. Zdumiewająca też była odnowa zgromadzenia płockiego. Z chwilą gdy w 1781 r. książę-biskup Poniatowski przeniósł je do Pułtuska, zabłysło uczonością i znakomitą dyscypliną.
Wiek XVIII obfituje już w źródła drukowane i rękopiśmienne, toteż łatwiej odtworzyć bieg wypadków. Charakterystyczną dla prac Kongregacji była troska o Regułę. W rękopisie zachował się lubiński egzemplarz przekładu z 1750 r. Służył on zapewne do głośnego czytania w refektarzu. Wzorowe wydanie tekstu łacińskiego dał w końcu wieku o. Wacław Ziółkowski. Opat Mirecki okazał się dobrym pisarzem i tłumaczem z języków obcych, a jego żywot stał się wdzięcznym tematem. Dzieje Kongregacji polskiej i opactwa świętokrzyskiego ówcześnie spisane, stanowią podstawę obecnego opracowania.
Najbardziej reprezentatywnym autorem owego czasu był opat Stanisław Kieszkowski, budowniczy kościoła i klasztoru w Horodyszczu, a następnie opat w Lubiniu. Zwraca uwagę jego praca na tematy fundamentalne dla duchowości benedyktyńskiej. Mimo że powstawała ona na Polesiu, zdradza zdumiewające oczytanie autora. Kieszkowski w Lubiniu, już pod jarzmem pruskim, dał się poznać zarówno jako historyk piszący dzieje swego klasztoru, jak i gromadzący i ratujący jego pamiątki.
Mniej udane, chociaż bardzo obfite były pisma, względnie tłumaczenia o. Karola Andrzejowskiego z Lubinia. Interesowała go dziedzina ascetyczna, którą uprawiał również Jacek Jabłoński. Tematem ulubionym było wychwalanie Matki Bożej, której sanktuaria, mianowicie, Tuchów, Wąwolnicę i Górkę Duchowną, benedyktyni mieli pod swoją opieką. Wyliczyć tu można garść panegiryków ku czci św. Benedykta; pisano też wiersze.
Innym przejawem reformy był rozkwit liturgii z jej ośrodkiem — jak wolno sądzić — uprzywilejowanym w Sieciechowie. Nowy styl epoki znalazł odzwierciedlenie w niektórych kościołach, np. dotąd zachowane wnętrza kościoła w Lubiniu, pochodzące z połowy XVIII w., gdy przeorem był o. Florian Balicki. W tym samym czasie również kościół tyniecki zyskał czarno-biały wystrój z marmuru, ufundowany przez opata Bartoszewskiego. Nieco później opat Stanisław Kieszkowski wymurował Kościół w Horodyszczu. Święty Krzyż w latach 1777, 1779 palił się dwukrotnie, po czym przeor Fulgenty Strojnowski zbudował nowy kościół. Wtedy także opactwo mogileńskie, mimo trudnych warunków, podjęło ważne prace budowlane.
Tymczasem jednak nad odradzającymi się w Polsce benedyktynami zawisła groźba zagłady. Trzeba więc zaznaczyć, że reforma, którą w ciągu XVIII w. przeprowadzili w swych starych opactwach, należy do wybitnych dzieł w powszechnej historii zakonu.